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COMPARACIÓN GENÓMICA INTRA E INTERESPECÍFICA DE PSEUDOMONAS CON INTERACCIONES POSITIVAS Y NEGATIVAS CON PLANTAS

RONDÓN, Johnma | RONDÓN, Yossmayer

UNIVERSIDAD DE LOS ANDES

Introducción y Objetivos:
La destacada versatilidad metabólica y variabilidad genética observada en bacterias del Género Pseudomonas han permitido a miembros de este grupo ser ecológicamente exitoso en la colonización de un amplio rango de ambientes. Pseudomonas constituye un grupo de gran plasticidad desde el punto de vista genético y ecológico, hecho que dificulta la delimitación taxonómica de especies dentro del grupo. Allí se encuentran especies de vida libre, simbiontes y patógenos facultativos de animales y plantas, dicho potencial genético y metabólico ha despertado el interés de su estudio, especialmente bajo un enfoque biotecnológico en la producción de insumos y el mejoramiento de procesos: biofertilizantes y biopesticidas, biorremediación de compuestos orgánicos complejos, control de patógenos, entre otros. En la literatura se destacan interacciones positivas de Pseudomonaspromoviendo el crecimiento de plantas o defendiéndolas de fitopatógenos a través de la producción de metabolitos tóxicos, así como también interacciones negativas con cepas patógenas. Diferencias genómicas entre cepas y especies de Pseudomonas que se asocian a plantas expondrían la dualidad de estilos de vida (simbiontes o patógenos). Descubrir las determinantes genéticas responsables de esta dualidad y así poder establecer un límite genómico que permita explicar el switch fenotípico presente en este grupo proporcionaría elementos de valor para comprender la diversidad ecológica dentro y entre especies del grupo.
Materiales y Métodos:
Para cumplir con esta meta fueron seleccionados cuatro genomas completos y curados de Pseudomonas disponibles en el GenBank. Dos del grupo P. fluorescens (P. protegens CHA0 y P. fluorescens SBW25) y dos del grupo P. syringae (P. syringae pv. syringae B728a y P. syringae pv. tomato DC3000). Utilizando herramientas bioinformáticas de alineamientos profundos con MUMmer 3
Resultados:
fueron encontrados elementos génicos comunes dentro de los genomas analizados (coregenome), algunos de ellos citados por mediar procesos propios de la interacción con plantas y un alto porcentaje de elementos genéticos únicos, tales como genes de biocontrol que participan en la producción de metabolitos tóxicos del tipo diacetilfloroglucinol, fenazinas, pioluteorina y pirrolnitrina que estuvieron ausentes en P. syringae.
Conclusiones:
La variabilidad en el contenido génico a nivel intraespecífico fue un hallazgo de especial atención en este trabajo (pan-genome) pudiendo ser considerado como uno de los principales factores responsables de la adaptación a nuevos nichos y/o estilos de vida. El secuenciamiento de más genomas será necesario para dilucidar las bases que definen el estilo de vida en estas especies, su capacidad de adaptación y las relaciones filoecológicas que existen entre ellas.