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VARIABILIDAD EN EL GENOMA ACCESORIO DE ACINETOBACTER BAUMANNII: IMPACTO EN LA RESISTENCIA ANTIMICROBIANA Y VIRULENCIA EN CEPAS CLÍNICAS FILOGENÉTICAMENTE RELACIONADAS

PAGANINI, Julian1 | CAMERANESI, María Marcela 2 | LIMANSKY, Adriana2 | VIALE, Alejandro Miguel2 | REPIZO, Guillermo Daniel2

FACULTAD DE CIENCIAS BIOQUÍMICAS Y FARMACÉUTICAS, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO 1; INSTITUTO DE BIOLOGÍA MOLECULAR Y CELULAR DE ROSARIO (IBR-CONICET, FCBYF, UNR)

Introducción y Objetivos:
Acinetobacter baumannii (Aba) multi-resistente (MR) a antimicrobianos es un microrganismo de prioridad crítica dada la creciente incidencia de un número limitado de complejos clonales (CC) MR en infecciones nosocomiales. Las metodologías últimas de secuenciación han permitido el análisis comparativo de genomas de aislamientos bacterianos relacionados permitiendo identificar sus relaciones filogenéticas y cambios adaptativos. Nosotros comparamos aquí los genomas de 3 cepas clínicas MR locales de Aba epidemiológicamente relacionadas con énfasis en su genoma accesorio a fin de dilucidar cambios genéticos involucrados en la adaptación al ambiente hospitalario.
Materiales y Métodos:
Los genomas de las cepas Ab244 (sensible a carbapenemes, carbS), y Ab242 y Ab825 (resistentes a carbapenemes, carbR) fueron secuenciadas mediante pirosecuenciación 454 e Illumina. Los cromosomas respectivos fueron ordenados según la cepa Aba ATCC17978 empleando Mauve, y la anotación se realizó empleando Rast. Las cepas fueron asignadas a secuenciotipos (ST) según PubMLST. Elementos genéticos móviles (EGM) como plásmidos, islas genómicas (IG) y secuencias de inserción (IS) fueron detectados utilizando IslandViewer/ISFinder; y factores de virulencia mediante la Virulence Factor DataBase. La virulencia se evaluó usando el modelo del insecto Galleria mellonella.
Resultados:
Las 3 cepas fueron asignadas al CC15 (Pasteur) o CC104 (Oxford). El análisis comparativo de sus genomas completos reveló elevada sintenia, pero se detectaron diferencias en el genoma accesorio incluyendo plásmidos portadores de blaOXA-58 en Ab242 y Ab825 (carbR) ausentes en Ab244 (CarbS), y una IG de 40 kpb conteniendo genes de resistencia a metales pesados solo en Ab244. Asimismo se identificaron 43 IS en Ab825, 12 en Ab242 y 9 en Ab244. En Ab825, ISAba125 fue la más frecuente con 13 copias. Dos nuevas IS pertenecientes a las familias IS256 e ISL3 fueron identificadas en las 3 cepas siendo designadas ISAba42 e ISAba43, respectivamente. In silico, identificamos genes de virulencia y persistencia en todas estas cepas, si bien Ab825 mostró una mayor capacidad infectiva en G. mellonella respecto a las otras. Ab825 mostró asimismo diversos genes interrumpidos por IS codificantes para proteínas de superficie celular, sugiriendo una explicación para su mayor virulencia.
Conclusiones:
Proponemos aquí que una ampliación en el genoma accesorio, en particular la adquisición de IS y plásmidos, contribuyen tanto a una estrategia de ocultamiento del patógeno por la eliminación de moléculas antigénicas de superficie como a una incrementada resistencia antimicrobiana. Ello facilita una mayor persistencia y adaptabilidad a un ambiente hospitalario fluctuante.